Systém dalekohledu MARK sestává ze třech logických částí: kopule s dalekohlenem, senzory pozorovacích podmínek a white-boxu. Pomíjíme čtvrtou část, kterou je uživatel, sedící kdekoli na světě u počítače připojeného k Internetu.

Dalekohled, jeho příslušenství a hlavní kameru hostí východní kopule Štefánikovy hvězdárny. Je tím segmentem, ke kterému směřuje veškeré řízení - výkonnou složkou. Součástí řízení dalekohledu je i řízení kopule, ostření a ovládání kamery.

Senzory pozorovacích podmínek jsou umístěny především na střeše budovy v těsné blízkosti kopule. Jejich úkolem je průběžně a non-stop vyhodnocovat povětrnostní situaci a v závislosti na tom řídit aktivitu dalekohledu. V krajním případě pak zabránit jeho ohrožení povětrnostními vlivy - např. deštěm či silným větrem. Výstupem celého řetězce na jehož konci je vyhodnocovací software MCM běžící na serveru Grind je signál "STOP/GO" signalizující vhodné podmínky pro pozorování.

White-box je název pro technologické centrum dalekohledu MARK. Jsou v něm zabudovány servery Grab pro zpracování dat z čidel, Grind pro řízení kopule, dalekohledu a kamery a Transfer zprostředkovávající komunikaci s okolním světem a ukládání dat. Ve white-boxu se stýkají všechny signály dalekohledu, kamery, kopule a senzorů v jeho nitru pak vzájemně komunikují zmíněné tři servery starající se o automatický chod. Zabezpečené internetové připojení pak umožňuje dálkové ovládání a řízení pozorovacích programů.